Según un informe realizado por la Organización de las Naciones Unidas, 34 de las 129 personas que fueron detenidas, desde 2014, por la desaparición de los 43 estudiantes fueron torturadas y obligadas a declarar bajo violentos métodos. La Policía Federal y la Secretaría de Marina de México son algunas de las instituciones involucradas en las denuncias.

El informe 'Doble Injusticia-Violaciones a los Derechos Humanos en la investigación del caso Ayotzinapa' indica que hubo "un modus operandi casi uniforme" en la forma en que se detuvo de forma arbitraria y se torturó "para extraer información o confesiones".

Un proyecto realizado por la asociación civil Fundar, en colaboración con otras instituciones, documenta cómo la tragedia de Ayotzinapa ha trastocado proyectos de vida, ocasionado desplazamientos, culpas y duelos traumáticos congelados al no tener la certeza de si su familiar está vivo o muerto.

Los progenitores afirman que son José Ángel Casarrubias alias 'El Mochomo', líder de un grupo criminal, y Alejandro Tenexcalco, comandante de la policía municipal. Erick Uriel Sandoval, 'La Rana', habría sido una de las últimas personas en tener contacto con los estudiantes de Ayotzinapa, en el estado de Guerrero.

Las autoridades ofrecían una recompensa de 80,000 dólares por Erick Sandoval, quien habría tenido una “intervención decisiva” en la desaparición de los jóvenes.

Tres años después de la desaparición de los 43 alumnos de la Escuela Normal Rural de Ayotzinapa, Felipe Rodríguez dice que fue torturado para admitir su responsabilidad. La Procuraduría General de la República de México y el grupo de expertos independientes que ayudó en la investigación tienen versiones diferentes sobre lo que habría ocurrido con los alumnos en septiembre del 2014. Ninguno de los cerca de 130 sospechosos que fueron detenidos por el caso ha recibido sentencia.