Recientemente se han presentado dos denuncias en contra de la compañía. Una de ellas, presentada a la Oficina de Normas Laborales, asegura que Tortillería El Milagro estaría incumpliendo la ordenanza de licencia por enfermedad pagada, mientras que en la otra queja un empleado afirma que la empresa habría violado la norma que le otorga a los trabajadores un día de descanso.